ความเป็นมาของหลวงพ่อวัดไร่ขิงนั้น มีตำนานเรื่องหนึ่งที่เล่าสืบกันมาพอเป็นเค้า แต่ยังไม่ปรากฏหลักฐานแน่ชัดนักว่า ในสมัยที่ สมเด็จพระพุฒาจารย์ (พุก) ครั้งดำรงสมณศักดิ์ที่ พระธรรมราชานุวัตร ในปี พ.ศ. 2394 ท่านได้รับโปรดเกล้าฯ ให้ขึ้นไปครอง วัดศาลาปูนวรวิหาร อ.พระนครศรีอยุธยา จ.พระนครศรีอยุธยา เป็นเจ้าคณะใหญ่กรุงเก่า
วันหนึ่งท่านได้ลงไปที่วัดไร่ขิง เมื่อท่านเข้าไปในพระอุโบสถกราบพระประธานแล้ว ท่านก็ได้สนทนากับเจ้าอาวาสวัดไร่ขิงว่า “โบสถ์ใหญ่โต แต่พระประธานเล็กไปหน่อย” เจ้าอาวาสวัดไร่ขิงกราบเรียนท่านว่า “วัดไร่ขิงเป็นวัดจน ๆ ไม่สามารถสร้างพระพุทธรูปองค์ใหญ่ ๆ ได้” เมื่อทราบดังนั้นท่านจึงบอกว่าที่วัดของท่านมีอยู่องค์หนึ่ง ให้เจ้าอาวาสไปอัญเชิญมาได้
เมื่อสมเด็จฯ กลับไปแล้วไม่นาน เจ้าอาวาสวัดไร่ขิงพร้อมทั้งกรรมการวัด ได้เดินทางไปยังวัดศาลาปูน และอัญเชิญพระพุทธรูปดังกล่าวลงแพ ที่ใช้ไม้ไผ่มัดล่องลงมาตามลำน้ำเจ้าพระยา เข้าแม่น้ำนครชัยศรี จนกระทั่งถึงวัดไร่ขิง ชาวบ้านจึงพร้อมใจกันทำพิธีอัญเชิญพระพุทธรูปขึ้นมาประดิษฐาน เป็นพระประธานในอุโบสถแทนองค์เดิมตั้งแต่นั้นมา และขนานนามพระพุทธรูปองค์ใหม่นี้ตามนามของวัดว่า “หลวงพ่อวัดไร่ขิง”
พุทธลักษณะหลวงพ่อวัดไร่ขิง
หลวงพ่อวัดไร่ขิง เป็นพระพุทธรูปเนื้อทองสัมฤทธิ์ ประทับนั่งปางมารวิชัยแบบประยุกต์ พระรูปมีลักษณะผึ่งผายคล้ายแบบเชียงแสน พระหัตถ์เรียวงามตามแบบสุโขทัย แต่เฉพาะพระพักตร์ดูคล้ายแบบรัตนโกสินทร์ ประดิษฐานเหนือฐานชุกชี มีขนาดหน้าตักกว้าง 4 ศอก 2 นิ้ว สูง 4 ศอก 16 นิ้วเศษ
เหตุอัศจรรย์ของหลวงพ่อวัดไร่ขิง
ในวันที่ชาวบ้านทำพิธีอัญเชิญหลวงพ่อขึ้นจากแพไม้ไผ่ ตรงกับวันพระขึ้น 15 ค่ำ เดือน 5 ซึ่งเป็นวันสงกรานต์พอดี จึงมีชาวบ้านมาร่วมเป็นจำนวนมาก ขณะที่กำลังอัญเชิญหลวงพ่อขึ้นจากแพสู่ปะรำพิธีนั้น ได้เกิดเหตุการณ์เป็นที่อัศจรรย์ยิ่งนัก เพราะแสงแดดที่แผดจ้าพลันหายไป บังเกิดเป็นเมฆดำทะมึน ลมปั่นป่วน ฟ้าคะนองกึกก้อง ฝนโปรยปรายลงมา ยังความฉ่ำเย็นกันทั่วหน้า
ทุกคนในที่นั้นเกิดความปีติโสมนัสยิ่งนัก พากันอธิษฐานเป็นเสียงเดียวกันว่า “หลวงพ่อจักทำให้เกิดความร่มเย็นเป็นสุข ดับความร้อนคลายความทุกข์ให้หมดไป ดุจสายฝนที่เมทนีดลให้ชุ่มฉ่ำ เจริญงอกงามด้วยธัญญาหาร ฉะนั้น” และนับตั้งแต่ที่หลวงพ่อมาประดิษฐานที่วัดไร่ขิง ก็มีประชาชนพากันมาเคารพสักการะมิได้ขาด โดยเฉพาะวันหยุดและวันนักขัตฤกษ์ อุโบสถของหลวงพ่อจะคลาคล่ำไปด้วยผู้คนจากทุกสารทิศ ที่ได้ยินได้ฟังและได้ประสบในความศักดิ์สิทธิ์ของหลวงพ่อ